Najstaršie zmienka o území, na ktorom vzniklo dnešné mesto Krupina, je z roku 1135. Pravdepodobne v roku 1238 uhorský kráľ Belo IV. udelil Krupine prvé mestské privilégiá, ktoré po vpáde Tatárov v roku 1241 – 1242 obnovil bulou z 15.decembra 1244.
Chrám bol viackrát upravovaný. V roku 1415 bolo postavené polygonálne presbytérium s gotickou krížovou klenbou. Klenba lodí sa po zničení kostola požiarom 5.6.1676 prepadla a kostol ostal v ruinách až do roku 1699 – 1705, kedy bol zreštaurovaný. V roku 1715 ho belehradský biskup Lucas Natali zasvätil na česť narodenia Blahoslavenej Panny Márie. Ako deň posvätenia chrámu bola stanovená nedeľa Najsvätejšej Trojice.
Rozmery chrámu: dĺžka: 37 m, šírka: 16,80 m a výška hlavnej lode je 13 m. bočné lode sú od hlavnej lode oddelené oblúkmi dosadajúcimi na štvorcové piliere, ktorých rozpätie sa rovná šírke strednej lode. Na prostrednom okne vo svätyni je obraz narodenia Panny Márie s erbom mesta z roku 1948.
Z interiéru chrámu vyniká neskorogotický krídlový oltár Panny Márie, Kráľovnej apoštolov. Plastiky pochádzajú z roku 1515-1520 z dielne banskoštiavnického majstra MS. Plastiky apoštolov sú považované za dielo majstra svätobeňadického Božieho hrobu z konca 15. storočia. Na boku južnej lode je kaplnka s gotickou klenbou z roku 1415, ktorá bola pôvodne zasvätená Panne Márii a od roku 1710 sv. Rozálii.
Táto pôvodne románska trojloďová bazilika stojí dodnes ako pripomienka pre všetkých, ktorí sem prichádzajú, aby sa posilňovali Ježišom Kristom prítomným v Eucharistii a obnovovali svoj život podľa Božieho slova, ktoré tu zaznieva.